使徒行者2

2010年，CIB高級督察卓凱(苗僑偉飾)帶同五個臥底到泰國行動，手下臥底全部葬身火海，只有他一人歸來，隨後連好友黎瑞權(張兆輝飾)亦無端喪命。卓凱不想再有臥底犧牲，決定尋找瑞權旗下的所有臥底，把他們從水深火熱的江湖中拯救回來！
卓凱先遇到「新紮臥底」鄭淑梅(黃翠如飾)，她還未接受臥底特訓便痛失上司，兼失去了警員身份。迫於無奈下，卓凱只能與淑梅一同搜集證據，查看誰是「自己人」。
社團大變動  一個字頭的誕生
香港最大的社團長興人手出現變動，魏德信(陳豪飾)成為新任龍頭，決意要剿滅社團內老一輩的高級頭目，包括覃歡喜(許紹雄飾)在內。歡喜逃過一劫卻失去愛妻，他逃到泰國找當地華人街黑幫頭目Pak-key(黃德斌飾)庇護，而德信亦派出手下徐天堂(袁偉豪飾)到曼谷，逼弼奇交出歡喜。Pak-key力挺歡喜之際，意外身亡，歡喜乘機偷走他的毒品，返回香港另起社團，取名為福和，與德信勢不兩立。
卓凱與淑梅合力調查德信的組織，期間認識了弼奇的得力助手樂少鋒(周柏豪飾)。淑梅受命混入長興的高級會所工作，認識了徐天堂，還得到專替德信處理黑錢生意的施嘉莉(宣萱飾)的賞識，成為助理。另一邊廂，少鋒主動加入福和，密謀替Pak-key報仇，並漸漸成為福和主力骨幹，與淑梅經常見面，兩人關係逐漸親密起來。
民間CIB  剷除黑警惡勢力
由德信操控的黑警勢力不斷擴張，與瑞權的死有莫大關係。卓凱為查清真相，着手招募新人，組成一個民間CIB團隊，支援他與淑梅的行動。
黑警集團與德信裏應外合，製造一次重大危機，令CIB陷入癱瘓狀態，卓凱不得不與歡喜聯手，與黑警展開連場惡戰！信任與背叛重複上演，卓凱誓要將德信等惡勢力連根拔起，德信拼死反撲，一眾臥底被列入「必殺」名單，最終能否逃過這一劫？