直前、池田屋事件

近藤（香取慎吾）は、大坂から帰った永倉（山口智充）に芹沢の死は新選組の仕業ではないかと問い詰められる。その場は否定する近藤だが、みずからが進んだ道が正しいのか自信がもてない。悩む近藤は、山南（堺雅人）のすすめで気晴らしに若い隊士と交流を。ところが、みんなが近藤を怖い存在だと思っていることを知りショックを受ける。さらに谷（まいど豊）には、弟の昌武（浅利陽介）を養子にしないかと持ちかけられ、困り果てる。一方、京都には幕府により市中を警固する見廻（みまわり）組が創設される。頭には佐々木（伊原剛志）が就任し、土方（山本耕史）は対抗意識を燃やす。そんな中、捜索中だった肥後藩の脱藩浪士・宮部鼎蔵（四方堂亘）が炭問屋の桝屋に潜伏中との情報がもたらされた。武田（八嶋智人）が隊士を率いて桝屋に乗り込むと、納屋には大量の武器や弾薬が。主人の喜右衛門（中山俊）を捕らえ拷問した結果、彼が実は尊攘志士の古高俊太郎であり、御所へ放火するという驚くべき計画があることが明らかになる。